De estas especies, 27 aparecen en alguna categoría de amenaza, estando tres de ellas consideradas como "En peligro crítico": la marsopa (Phocoena phocoena), la orca (Orcinus orca) y el murciélago ratonero mediano (Myotis blythii).
En comparación con la anterior evaluación de los mamíferos en Portugal, publicada en 2005, ha habido un aumento del 23% al 30% en cuanto al porcentaje de especies incluidas en alguna categoría de amenaza.
La destrucción, el deterioro o la fragmentación de los hábitats naturales, debido a la actividad humana, son los principales factores de amenaza identificados para los mamíferos de Portugal. A ellos se suma el cambio climático, que se considera como un riesgo previsible para la supervivencia y el mantenimiento de poblaciones estables para la mayoría de las especies incluidas en el Libro rojo de los mamíferos de Portugal continental.
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